Конечно можно. Можно опубликовать несколько mxd файлов, или другими словами - создать несколько сервисов. И подключить эти несколько сервисов к одному проекту. Т.е. сервисы являются источниками данных, и какие из них вы подключите в каком-то конкретном приложении - неважно. В приложении вы можете подключить один или несколько сервисов (причем даже в процессе выполнения, а не заранее), делать их видимыми/невидимыми/полупрозрачными, несколько разных приложений могут использовать одни и те же сервисы.
К примеру:
http://resources.esri.com/help/9.3/arcgisserver/apis/silverlight/samples/start.htm#DynamicAndTile
Здесь один сервис является подложкой, он кэширован, а второй сервис часто меняется, поэтому он подключен как динамический. А отображаются оба одновременно, накладываясь друг на друга.
Таким образом, можно сделать отдельный сервис для подложки, сделать кучу разных сервисов для различных сетей (дорожная сеть, всякие там газопроводы и канализации и т.п.) и затем создавать различные карты, просто комбинируя эти сервисы.