По умолчанию Arc считает длину в единицах окна карты (датафрейма). Если вы не мудрили и просто загрузили некий слой, то датафрейм настроен на единицы вашего слоя. Километры они или нет, он "не знает" и мы не знаем. Ваш подсчет по слою, есессно, может отличаться от единиц слоя - мы же не знаем, как вы его делали.
Проверить можно просто - загружаете вашу модель, делаете линию, далее Easy Калькуляцией считаете и обычную длину, и трехмерную. Пишете нам, что получилось - тогда и поговорим про разницу ;)