Не замарачивайтесь.
Делайте обычный постинсталл. Можете изменить при желании название папки - вместо ArcGIS указать, то которое Вам хочется. Если хотите другой порт - не 80, а тот, который будет у Вас реально использоваться, то сначала настройте IIS и проверьте, что он на этом порту работает.
Далее - все приложения (включая ArcGIS/Manager, REST и др.) будут доступны по относительному пути. Т.е. если внутри Вы вызываете http://localhost/ArcGIS/Manager, то и снаружи
http://gis.company.com/ArcGIS/Manager он должен вызываться. Но снаружи при наборе этого имени должен правильно определяться IP-адрес.
Позже Вам возможно просто понадобится правильно описать каталоги в Вашем ArcGIS сервере. Добавить новые (или отредактировать) виртуальные каталоги к Вашим выходным каталогам arcgiscache, arcgisouput и т.д.
В любом случае всё можно переконфигурировать заново не переиснталлируя сам ArcGIS Server.