граница одного полигона нигде не отличатся от ближайшей точки граници другого
Как понять - граница не отличается от ближайшей точки?
Может не совсем точно выразился.Например полигон формы квадрата со стороно 1 и центром в точке (50,50) и такой же квадрат с центром в точке (50.001,50.001) будут отличаться "не сильно",естественно зависит от масштаба и единиц измерения.Т.е. если ед измерения километр напрмер и сдвиг не превышает метра, то считать , что квадраты совпадают.Или, например, если для них применить ITopologicalOperator.Intersect, то толщина получившейся фигуры не более 1 метра.