Дык, всеж написано. Search Radius = "The distance over which the analysis is performed. A distance of 0 (default) means that only features that physically touch are matched. A distance of -1 means that the analysis will search as far as it needs to find a match. It is only valid to use -1 as a distance for joins that use a nearest join option". Словом, это для ограничения выриантов выбора. Если радиус поставить, не для каждого элемента отыщется сосед.
В вашем случае непонятно, как быть вообще, что вы собственно хотите. Если вам нужен код полигона, в который попадает точка, то SR нужно оставить 0, чтобы получить одно значение.
Если вы хотите понять, какие еще соседние полигоны находятся от точки на расстоянии, тогда да, надо искать радиусом. Но сочетаний может быть много, и не факт, что SJ сработает как надо. Обычно он выдает 1-1 - каждому объекту один ближайший (+дистанцию до него), остальное неоднозначное дело. Поставьте 1-M, может, сработает, как вы хотите, хотя не уверен.
Может быть, если не получается, то проще нарисовать буфер вокруг каждой точки размером с точность GPS, пересечь с полигонами и проанализировать возможные сочетания, в т.ч. и по площади пересечения - это покажет вероятность попадания намного лучше, чем простое линейное отстояние. Если задача в этом.