Если сначала открыть таблицу в Excel, а уже потом ее добавить в ArcGIS (я так понимаю, что ArcGIS у вас не 9.0 и таблицы Excel открывает непосредственно сам?), то редактировать таблицу можно и при открытом ArcGIS. В этом случае при изменении координаты просто нажмите кнопку "обновить вид", точки должны перестроится.