ArcMap без проблем грузит файлы DXF в любой проекции, даже если она не объявлена. Просто потом задаете нужную проекцию вручную. Для GPS это "широта-долгота на эллипсоиде WGS" (раздел Geographic/World).
Конечно, для DXF надежнее будет сконвертить данные в UTM - Автокад плохо воспринимает десятичные градусы. Однако, судя по вашему рассказу, это придется делать по каждой зоне отдельно (что в общем-то правильно). Но раньше в MSource и такой возможности не было, и ничего страшного - тем или иным способом данные доходили до ГИС без потерь. Как вариант, можно через формат GFX передать данные в ОЗИ эксплорер, который в свою очередь умеет экспортить в шейп-файлы (бесплатно).
Еще вариант - если у вас точки без особой атрибутики, передать координаты в Эксель (это можно сделать просто копированием таблицы MS) и воссоздать их заново в Arc по координатам. Так же можно поступить и с треками, но понадобится терпение по реставрации.