проблема может быть во-первых в системах координат данных и рабочей карты. Если данные лежат в географической СК, а карта в метрических координатах.
Во-вторых, векторные данные имеют свою дискретность координат, примерно 1/2000000000 от общего экстента данных. Если один Ваш набор данных включает данные на всю Землю, а другой - только город Жмеринку:-))), то при снеппинге Земли на Жмеринку есть варианты того, что после сохранения редактирования координаты точек Земли "прыгнут" на ближайшее разрешённое значение. И эти координаты отнюдь не будут совпадать с метрикой Жмеринки, хотя обратное редактирование (Жмеринки на Землю) будет вполне приснепленным.