Самый простой способ - написать скрипт, который будет по времени обновлять нужный слой. Для этого можно обновлять не весь слой, а только один. Плюс у этого способа - быстро программируется. Могут быть минусы - может не удовлетворять скорость прорисовки. При неправильном прогрммировании может съедатся память и вылетать приложение.
Второй способ - читать данные и рисовать объекты поверх карты в виде графики. Посмотрите как реализована функциональность для работы с одним объектом на закладке GPS.
Третий способ точно подойдет для работы в десктоп приложении - написать своё приложение на ArcGis Engine, используя "Динамический дисплей" и "динамические слои".
http://resources.esri.com/help/9.3/ArcGISEngine/dotnet/concepts_start.htm#fa7e5681-834b-4c68-8e73-125df3b29f51.htm
Tracking Server - сервер сообщений, которые содержат координаты. Т.е. это сервис, который слушает по одному TCP или HTTP-порту сообщения в XML-формате, как-то их обрабатывает и сохраняет (в SDE), и выдает обработанные сообщения по другому TCP или HTTP-порту.
Клиентом может быть ArcGIS Tracking Analyst. Тогда для десктоп-клиента ничего писать не нужно.
Кроме того, есть готовый java-viewer, который может рисовать эти сообщения в браузере. Но в качестве картографичекой подложки у готового веб-приложения пока используется ArcIMS. Т.е. для сервисов ArcGIS Server, Google или MS VE веб-приложение тоже нужно будет дорабатывать.
И для того, чтобы Tracking Server смог читать Ваши входные координаты, всё равно придется написать коннектор (примеры прилагаются).
Но для задачи с 20-50 динамическими объектами, это стрельба из пушки по воробьям.
Tracking Server предназначен для крупных организаций, оказывающих сервис по отслеживанию большого числа пространственных событий.
