Добрый день
Эту задачу можно решить следующим образом
1) Создайте слой (Допустим назовем его В)
2) Скопируйте туда ваши данные (Допустим из слоя А)
Получаем слой данными того же слоя (слоя А)
3) С помощью пространственного запроса Select by location
выбираем select feature from
4) Далее ставим птичку на наш старый слой (Слой А)
5) Выбираем are Completely within
6) Далее The Features this layer выбираем из списка наш слой В
7) Нажимаем ОК . Выделяються внутрение полигоны слоя А, выделенные полигоны удаляем. Из слоя А удаляются внутрение полигоны
А ненужный слой В можно и удалить.