ArcGIS Explorer предназначен для работы с данными, подготовлеными и опубликоваными в качестве сервиса в ArcGIS Server.
Да, Вы можете добавить небольшое количество локальных данных - растров, точек, линий и даже немного полигонов, для презентационных целей.
Но ждать что всё это будет летать в трехмерке - наивно.
Эта программа не предназначена для трехмерного моделирования. Для этого есть специальный софт.
Если у Вас все Ваши данные летают в браузере - пусть там и летают.