Используйте определяющий запрос (definition query) в свойствах Вашего точечного шейп-файла или класса пространственных объектов. Выберите точки, которые расположены в рамках определенного полигона, запомните их ID. Затем в окне свойств Вашего точечного шейп-файла или класса пространственных объектов перейдите на закладку Определяющий запрос (definition query) и укажите, какие объекты не будут показаны на карте.
Можете также создать отдельный класс в условных обозначениях для определенных точек и использовать для тех точек, которые нужно скрыть, прозрачный цвет условного знака, так что все точки будут видны, а определенные Вами точки - нет. Это делается в свойствах слоя на закладке Условные знаки (symbology).