Если правильно понял, в Вашем mxd документе установлены относительные пути, а не абсолютные. Поэтому Ваш проект и "подхватил" данные из папок 2ого проекта. Чтобы сохранить ссылки на исходные папки, зайдите в свойства документа (Файл - Свойства документа - Источник данных) и выберите использование абсолютных путей.