Профиль или сечение некоей поверхности (рельефа или геологической) по некоторой произвольной линии строится просто-напросто превращением этой плоской (2D) линии в трехмерную, с учетом высоты заданной поверхности. По сути это проецирование линии на поверхность, и такой инструмент есть в ГИС штатный. Это делается довольно просто, детально расписано в хелпе,
вот здесь, например.
NB: Почему-то этот вопрос возникает раз в месяц в разных вариантах. Пора, наверное, его в FAQ вставить: там кстати накоплен неплохой
ликбез по DTM.
