Ну файл apr - это для ArcView GIS. У Вас ArcGIS, так что apr это не сюда. Похожая проблема была когда-то: у меня документ открывался, но слои не отображались. Я сохранил копию документа - Файл - Сохранить как.. Еще в другой версии можно попробовать сохранить.. Помогло, помнится. Ну и еще раз проверить, уж наверняка, что с данными, на которые ссылка идет, все ок.