Вариант1:
1. Создаете шейп с вырезающим полигоном.
2. Добавляете все шейпы в ArcMap. Шейпы, которые нужно обрезать, должны находится в одном каталоге.
3. Стартуете сессию редактирования.
4. Аккуратно выделяете вырезающий полигон.
5. В меню панели редактора выбираете "Вырезать..." (Clip...). Вырезаться будут объекты из всех включенных (отображаемых) слоев.
Вариант2:
ArcToolBox->Анализ(Analysis Tools)->Извлечение(Extract)->Вырезание(Clip). Правой кнопкой на инструменте выбираете "Пакетно"(Batch) и заполняете параметры.
Вариант3.
Поискать готовые инструменты на
http://arcscripts.esri.com/scripts.asp?eLang=&eProd=&perPage=10&eQuery=clip
Вариант4.
Создать модель с командой Clip и выгнать её в скрипт и поправить в редакторе.
Вариант5.
Написать скрипт самому.