Т.к. в TOC отсутствуют слои, то всё-таки проблема, скорее всего, с доступом к данным.
Для начала, всё же проверьте логи с помощью Server Manager или просто в папке на машине SOM:
%ARCGISHOME%\server\user\log\
Остановите, а потом запустите сервис. Последние записи в самом новом журнале будут показывать, что происходит при запуске сервиса. Если проблемы с источником данных, то об этом явно будут появляться сообщения типа:
Слой:'какие-то растры' карты:'Layers' некорректен
Следующий шаг - запустите ArcMap от имени пользователя SOC и проверьте проект.