Можно, наверное, чуть проще, если поставить точки внутри полигонов, а потом выяснить высоту этих точек (в любом случае их высота будет между изолиниями). После связать точки с полигонами – хоть по идентификатору, хоть пространственно. Кстати, ГРИД тогда делать не обязательно, хватит и ТИНа.
Другой вариант, если есть ГРИД, то сделать зональную статистику в таблицу, потом подцепить ее к полигонам.