<цель: вытащить с карты значения в отдельных точках (пакетно)
если я правильно понимаю, Вам необходимо вытащить с карты значения глубин (метры) в отдельных точках (пакетно)? для этого сойдет
http://gis-lab.info/qa/extract-values-grids.html
но для этого надо построить грид по оцифрованым изолиниям.
думаю можно также обойтись и без построения грида, только по оцифрованым изолиниям, помню что-то из инструментария мне когда-то попадалось. Так что цифровать изолинии глубин придеться в любом случае, если конечно Вам не нужно вытащить с карты значения цветокодирования (RGB,CMYK,....)