Возможно, полигон глючный... У нас почти такое было если слой создавался в КАде или Мапинфо - полигон при нек. положениях рамки вдруг инвертировался (и заливал всю окрестность). Если так, то Check Geom. конечно, но может и не помочь. Нам помогало простое обновление полигона, без изменения геометрии. Например, удалить и вклеить, или сдвинуть и вернуть на место. Такое впечатление, что беда не с топологией, а с точностью координат: как бы AM слишком умный и считает полигон незамкнутым.
Да, такой полигон еще вычислить надо бывает ;)
