Одно из двух - или геометрия полигонов битая, или руки не так загружают скрипт
.
Для начала проверить и исправить геометрию:
ArcToolBox->Управление данными(Data Management Tools)->Пространственные объекты(Features)->Проверить геометрию(Check Geometry) или Исправить геометрию(Repair Geometry).
А скрипт не надо трогать. Выглядеть должен так: