Совместимость баз данных:
http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9.3/index.cfm?id=2292&pid=2285&topicname=Client_and_geodatabase_compatibility
Previous releases of ArcGIS clients cannot connect to and use geodatabases created with later versions of ArcGIS. For example, an ArcGIS 9.1 client cannot connect to and use an ArcGIS 9.2 geodatabase.
The exceptions to this rule are as follows:
ArcGIS 9.2 Service Pack 5 (SP5) can open and edit a 9.3 geodatabase.
Be aware, though, that functionality specific to the current geodatabase release is not available when connecting from a previous release of the client application.
Но даже со старыми базами всегда можно было работать следующим образом:
Создаете саму базу в более старой версии ArcGIS. Подключаетесь к ней новым ArcGIS и копируете в неё данные.
mxd уже давно можно сохранить, как более старый документ для совместимости.
Естественно не вся функциональность нового будет доступна.
И особенного снижения производительности, я пока не замечал.
Видимо зависит от конкретной ситуации.