Да, нулем или nodata, иногда -99999... Все равно при построениях "домики" будете складывать с DTM (или зададите абс. высоту как-то еще).
Однако зачем? Грид, по своей сути, не предназначен для домов, "не понимает" вертикальные грани, по сути, это модель не домов, а крыш домов, уплощенных. Логичнее использовать штатные средства изображения в 3D scene... Если нет расчетов по этому гриду, конечно.