в ArcMap решение проблемы встроено, и базируется оно именно на этом самом принципе "одного дерева". В свойствах mxd-проекта (File/Map Properties) вы можете сделать все cсылки относительными. Если же какие-то файлы тем не менее уже утеряны (переехали), то найти их поможет команда "Set Data Source". Ма-а-аленький секрет - запускать команду надо прямо из контекстного меню слоя, а не из "большого" диалога свойств слоя, тогда она работает "интеллектуально" - цепляет файлы пачкой, если найдет их рядом с указанным.
