Когда спрашивает, ответьте "Cancel", да и все дела. Если проект загрузится удачно, то и сохраните его - уже без ссылок на эти модули. Однако некоторые расширения обязательны для подгрузки особых типов данных, CAD, TIN например, или для встроенных автором приложений - тогда вам от них избавиться не удастся ни кэнселом, ни текстовым редактированием Apr - проект не будет грузиться, или загрузится частично. Увидите, словом.
Тогда можно попробовать сыскать сами модули в интернете - например, в коллекции
Arcscripts. Загрузив и почистив проект, можно будет выключить модули.