Что-то не понятно - чего Вы хотите.
В своем приложении можете не загружать готовый mxd, а программно добавлять данные и программно их раскрашивать.
А к ArcSDE можете подключаться по TCP/IP - порт открываете и если скорости сети хватит - вперед.
А вот если обращаться к данным в SDE, как к Web-службе. То службу нужно создать. Для этого и есть ArcGis Server. Если он не нравится - напишите свою
.
