Конвертировать с 9.1 в 9.2 точно проблем никаких нет. Более того, 9.2 будет работать с базой данных 9.1 напрямую. НО НЕ НАОБОРОТ. Новая база данных, созданная в 9.2, или обновленная до 9.2, не откроется в 9.1. Данные в этом случае придется переносить специально в старую версию.
Если используются серверные решения (SDE, ArcGIS Server), то сначала последовательно переводите ВСЕХ клиентов (настольные продукты) на ВСЕХ компьютерах на 9.2, и только потом выполняете апгрейд серверов.