Именно для топологических задач спокон веку "толерантность" и применяется, возьмите для примера любой ArcINFOвский инструмент, или тот же ET. Другое дело, что создатели ARcMap постарались скрыть этот факт от широкого пользователя, и те кто начал работать сразу с AM, об этом не всегда в курсе.
Возьмем самый простой инструмент, Select by Location. Да, в случае если ваши линии - идеальные копии друг друга, задача разрешится "просто и быстро". Если линии прошли не дай бог преобразование НЕ в ArcMap, а в ArcView, MapINFO, в другом инструментарии - никогда не будет гарантии, что они совпадут. Более того, проверка показывает, что они НЕ СОВПАДУТ в большинстве случаев и часть линий ваш "простой и быстрый" метод не идентифицирует как совпадающие. Разница в наших примерах например, чаще всего около 0,00033 и примерно 5-10 процентов линий. Этот феномен известен еще как "микрощели" для полигонов. Какие операции их производят на свет, пока до конца неясно. Досадная микроcкопия, всего лишь, если... Если это не десятичные градусы, тогда не только топология пострадает.
Словом, в общем случае, если вы не можете гарантировать идеального совпадения, и не можете проверить результат вручную, лучше "толерантностью" все же озаботиться - хотя бы провести проверку, сделать один разок и так и эдак. Это несложно и в "Select by Location" - там есть "Apply buffer" при выборке...
