Arc_Map 9.2 по сравнению с 9.1 обладает повышенной чувствительностью к системе координат. Если у shp-файла нет prj-файла (то есть не задана система координат) он его не переводит ни в какую проекцию, а только показывает. 9.1, как мне кажется, воспринимал shp-файлы без prj как будто имеющие СК, установленную для фрейма.
А выход из вашей ситуации, Игорюха, очень простой. Откройте в ArcCatalog Ваш шейп-файл и задайте ему систему координат. Щелчек на шейп-фвйле правой кнопкой -> свойства -> система координат -> выбрать -> (если Вы работаете с советскими картами выбирать нужно Пулково 42) -> географическая координатная система -> Asia -> Pulkovo 1942.prj -> добавить -> ОК. Все, проблем с этим шейп-файлом больше не будет.
К SV_P. Под "родной" системой координат, мне кажется, подразумевается именно система координат, а не проекция. То есть если у Вас во фрейме один один шейп-файл в СК Пулково 42, а другой, допустим, в WGS_84, то перед редактированием 1го файла надо фркйм перевести в СК первого слоя, а если будет редактироваться другой, то тогда и фрейм должен быть в WGS_84. А какая проекция при этом будет задана по моему не имеет значения.