А каким образом вы задаёте путь?
Как и полагается для конкретного тула.
К примеру есть тул CreateFeatureClass из Data Management Tools - > Feature Class.
В его хелпе читаем формат передаваемых данных:
CreateFeatureClass_management <out_path> <out_name> {POINT | MULTIPOINT | POLYGON | POLYLINE} {template;template...} {DISABLED | SAME_AS_TEMPLATE | ENABLED} {DISABLED | SAME_AS_TEMPLATE | ENABLED} {spatial_reference} {config_keyword} {spatial_grid_1} {spatial_grid_2} {spatial_grid_3}
Технические подробности запуска тула из программы мы опустим, отметим лишь, что тул можно запустить на выполнение без отображения его ГУИ, а можно с отображением.
Так вот для отладки приложения я запускаю тул с отображением ГУИ, чтобы понять что не нравится арккаталогу в переданной строке. Оказалось что в данном случае переданный путь куда надо запихнуть новый слой не нравится. К примеру:
E:\3DAnalyst\data6.mdb\DataBase,
где data6.mdb - это ГБД, а DataBase - это датасет.
При програмном запуске тул говорит что такого пути нету, красный крестик на ГУИ тула.
Вот картинка:
http://agora.mk.ua/temp/Create.JPG
Но ежели в той строке поставить пробел и его же удалить - сразу все начинает работать.
Такая проблема у меня встречается в 50% тулов.