А зачем Вам именно input raster?
Если Вы строите водораздел, то можно использовать и просто векторные точки в качестве входного параметра. Эти точки должны указывать на места реального слияния рек. Командой Snap Pour Point Вы можете привязать координаты этих точек к гриду с потоками.
