А случаи бывают, как известно, разные.
Самый простой - у Вас несколько проектов. Для них используются разные наборы данных. Лучше такие данные хранить в отдельной базе - проще организовать доступ, проще переносить, разворачивать у заказчика и т.д.
Таких сценариев можно придумать много - зависит от Ваших потребностей и фантазии.
В Oracle сейчас тоже можно организовать примерно такое же разделение, как репозитория SDE, так и данных, как в отдельном экземпляре базы, так и в отдельной схеме, отличной от стандортной схемы SDE.
http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9.3/index.cfm?TopicName=Using_multiple_geodatabases_within_a_DBMS