Задачка, похоже, классическая. Есть полигональный слой, отдельные полигоны налегают друг на друга. Нужно из тех, которые внизу, вырезать все, которые вверху. Наложения могут быть многослойными. Значения атрибутов должны быть такие, как в самом верхнем полигоне. Сама картинка при этом не должна измениться, а топология исправится.
