У меня похожая проблема,
мне кажется, надо вначале проверить топологию (Validate topology), исправить ошибки с помощью Error Inspector, а потом уже строить полигоны (Feature to polygon)...
только проблема в том, что для шейпов кажется топологию проверить невозможно, сама с этим целый день бьюсь.
Подскажите, плиз, если есть какое нибудь решение, как проверить топологию для линейных шейп-файлов