Если правильно поняла про маску, то можно инструментом в Spatial Analyst Tools - Extraction - Extract by Mask.
А, насчет, из одного слоя - несколько - команда Split, находится в Analysis Tools - Extract. Входные объекты и сплит-объекты- указываете один и тот же слой, в слое должно быть текстовое поле с уникальными именами объектов - по нему и будут называться выходные слои.
