Не понял, что такое «spatial join». Пробовал обычный join из Дата Менеджмент Тулз – Джоинз, получается, что если заполнять значениями из своей таблицы, то все нормально, а если те же значения из связанной, то затыкается, причем на каком-нибудь сотом шаге, но первые 99 все равно не заполнены. Похоже, сбрасывает виртуальную таблицу только полностью. Скопировал связанную таблицу, проверил строку, в которой идет ошибка – есть такая строка в связанной таблице, и значение в поле-источнике ненулевое.