Речь не о редактировании данных, а о создании самой топологии, изменении в схеме данных, или в правилах топологии. Эти операции выполняются до регистрации данных, как версионные. После регистрации Вы можете редактировать топологические данные, используя инструменты для редактирования топологии в ArcEditor.
Если Вам задумается добавить новый класс или новое правило в топологию, то придется дерегистровать данные как версионные, предварительно выполнив компрессию базы.
http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9.2/index.cfm?TopicName=Registering_and_unregistering_data_as_versioned
However, before you register data, consider that there are certain ArcGIS operations you can't perform on data that is registered as versioned. These operations are as follows:
Create a topology.
Add or remove feature classes from a topology.
Add or remove topology rules.
Modify the cluster tolerance or ranks.
Create a geometric network.
Add or remove a feature class from a geometric network.