Если решать совсем в общем случае, то для точек есть еще такой стародавний способ: прогоните их координаты через БД. В акссесс, например, есть заготовки для удаления любых дубликатов. В данном случае ключом будут координаты X и Y. Если захотите, точные, даже нецелочисленные, а если зададите, то с некоторым допуском. Имитировать допуск можно путем округления, можно написанием хитрых запросов с формулой Пифагора, а можно - самое эффективное решение - путем использования агрегатных функций. То есть попросту вычислить для каждой группы точек средний X и средний Y.
Последнее доступно и в ArcView/ArcMap = функция Summarize. Только она по одной колонке работает, приходится извращаться, суммируя координаты заранее :)