Сталкивался. При прозрачности пропадают порой символы(как правило до половины). Еще было пропадали символы из-за установленного масштаба отображения.
Когда экспортирую в pdf, при разрешении до 200 dpi кружки то квадратные, то полностью черные.
В вашем случае надо попробовать ставить галочку convert markers to polygons - иногда помогает.
У меня есть вопрос тоже. При печати или экспорте карты с круговыми диаграмами ArcGIS тупо виснет. При этом у меня фрейм повернут на 20 градусов. Убираю угол поворота печать идет практически мигом. Но при этом нужная мне компановка (повернутая на 20гр.) нарушается. Может кто-нибудь знает, как это обойти?