Поле SHAPE - это поле, в котором "зашита" геометрия объектов. Если выполняется пространственное соединение тем (merge) , например с помощью Мастера пространственных операций, то эта процедура происходит естественно по полям SHAPE . Или я вопрос не понял?
Сделать часть объектов Темы видимыми можно следующим образом - используя ПОДНАБОР ТЕМЫ. Присвойте всем выделенным объектам какой-нибудь код, например "1" (предварительно сделав новое поле в таблице атрибутов, лучше числовое). Затем в свойствах темы на вкладке Definition щелкните по кнопке с изображением молоточка и в появившемся окне Конструктора запросов задайте следующее выражение: [имя поля] = 1. Потом ОК. Тем самым выполнится поднабор темы, то есть в виде и в атрибутивной таблице будут присутствовать только объекты с кодом 1. При этом физически из шейпфайла объекты естественно не удаляются, просто AV не показывает то, что вам не надо.