На самом деле это не глюк - это фича
SDE сам управляет ObjectID. Он помнит самый последний использованный идентификатор объекта в классе. И при попытке догрузить или добавить новые объекты получают ид. начиная с этого числа. Это реализовано давно для управления открепленным редактированием и репликации объектов.
Если Вам необходимо сохранять свои связи между классами, то надо использовать свои собственные ключевые поля и управлять ими.
Если нужно перенести то, что уже создано в персональной базе, то это можно сделать, но не операцией загрузки в существующий класс, а копированием классов в пустую базу SDE (copy-paste). При этом сохранятся и связи между объектами.