То есть проблема с вложенными подкаталогами... Если пакетно в AM, то вряд ли. Если интересны файловые, универсальные методы, могу подсказать - их в загашнике немало накоплено. Обычный путь примерно такой:
Этап первый - поиском (почтительней total commander) находим ВСЕ файлы prj (или shp) в нужной ветке, сбрасываем их в один каталог (лучше виртуальный - "feed to listbox").
Этап второй - грузим их ВСЕ разом в один текстовой редактор, поддерживающий мультифайловый режим замены - MultiEdit, EditPad etc.
Этап третий - запускаем замену текста, наверно, проще заменить весь текст целиком как одну строку. Закрываем редактор, нажимая "Save All files". Файлы сохраняются каждый на своем месте. Некрасиво, но эффективно.
Поскольку файлы prj идентичны друг другу, то такая процедура выглядит громоздкой и наверняка можно выдумать что-то поизящней, типа тиражированья файла-образца по списку. Надо поломать голову, как это сделать без программинга - уж больно задача типовая для наших сотен файлов и каталогов.
