Екатерина!
Если файлы не имеют prj, это не значит, что они "в одной проекции". Это даже не значит, что они все спроецированные. Загрузите их по одному и поглядите, какие координаты у них, какой, простите за выражение, экстент. Вoзможно, они физически разные, и сначала потребуется угадать проекцию для основного комплекта, потом перевести тот ваш один файл к основным (или наоброт). Я вроде бы давал уже ссылки на рекомендации по таким проблемам, могу еще.
Да и наверно лучше начинать новые темы по новому вопросу. Эта была изначально совсем про другое... Пора уже и закрыть её :)