Еще раз растолкую. Не важен формат, в каком вы это храните. Важно, в какой среде и какими алгоритмами вы это делаете. Наиболее заточена под такие задачи среда под названием СУБД - "системы управления базами данных". Они понимают и txt по колонкам, и xls, и dbf - словом, все табличные форматы. Мало того, в Аксесс вы можете эти форматы не просто импортировать, а ИНТЕГРИРОВАТЬ (прилинковать). там и проверять. А еще лучше держать.
Только на днях опять проверяли большой блок пикетов XYZ, опять прошерстили все методики - скрипты AV, summarize в AV и AM итп. Удобнее все же в Аксессе, стандартными запросами на "Поиск дубликатов". Особенно если точек много и проверка (корректировка) должна идти не на точное совпадение координат, а с некоей tolerance, к тому же не по одной колонке, а сразу по нескольким (XY, в нашем случе). В остальных средах (ГИС, эксель, просто вручнопрограммно) много геморроя и нет полной гарантии обработки всех случаев.