Так у вас же там сообщение, что вы ничего не выделили.
Последовательность такова:
1. Выделите все маленькие полигоны, которые Вы хотите удалить
2. Только после этого запускайте Eliminate, файл укажите тот, в котором вы сделали выделение
Eliminate будет растворять только выделенные полигоны, так что обратите внимание на это