Если, я правильно понял, то речь идет об агрегировании записей. Т.е. делаем group by таблицы 2-го слоя по полю ID квадрат с расчетом средних значений в остальных полях. Здесь существует несколько способов.
1. Насколько мне известно в ArcGIS отсутствует прямая функция агрегирования классов пространственных объектов и объектных классов на основе их атрибутов, если это не так, то поправьте меня, было бы интересно узнать. Но есть специальня функция связывания, которая позволяет производить пространственную выборку объектов одного слоя на основе другого с группированием атрибутов:
Но эта функция не очень удобна, так как при выборке одни и те же объекты 1-го слоя могут попадать в разные объекты 2-го слоя. Поэтому если у нас в первом слое имеется ID_KEY к второму слою, то правильнее работать с атрибутами с последующим связыванием. Вначале мы агрегируем таблицу слоя 1 по полю ID_KEY, а далее полученную таблицу связываем по этому полю с таблицей слоя 2.
2. Для этого, на мой взгляд, удобнее всего использовать XTools Pro - extension for ArcGIS (очередная реклама коммерческого продукта, в связи с отсутствием необходимого функционала у разработчиков ESRI , или моим незнанием). Эта примочка имеет тулзу aggregate features/records.
3. Также для агрегации можно выгрузить табличку 1-го слоя в MS Access или MS SQL, или еще во что-нибудь, и сделать агрегирование там.