Если Вам нужен старый инструмент для работы с покрытиями (Coverage), то для этого нужно кроме ArcGIS Desktop установить ArcGIS WorkStation.
А инструмент будет в ArcToolbox->Coverage Tools->Data ManagementTopology->Clean(Build).
Если его там не окажется, то его надо добавить отсюда:
%ARCHOME%\Toolboxes\Coverage Tools.tbx