Есть необъяснимая проблема: После процедур слияния, объединения, вырезания двух полигонов в шейпах происходит искажение геометрии (проихвольным образом смещаются узлы). Величина смещения узлов обычно < 0.0005. Естественно это заметно при увеличении когда масштаб уже 1:0. На слоях базыданных такого не наблюдается. ArcView 3.x такого поведения на тех-же шейпах не проявляет.
