А может причина изменения формы полигонов кроится в том, что включена опция, отвечающая за прорисовку объектов в зависимости от глубины масштабирования?
И по топологии. Вы говорите, что ошибка на стадии конвертирования? Покажите сам текст сообщения об ошибке. Может, кто-то что-то недопонял?
А еще топологию можно согласовывать не только с помощью Toolbox. Попробуйте выполнить тоже самое через Catalog.
И еще. Обратите внимание на то, чтоб при конвертировании было четко определено тип объектов, а также точность (попробуйте выставить Doble\Doble).