Что значит индексы построенные по методике ESRI?
Если Вы выбрали схему хранения Oracle Spatial, то SDE создает и использует по-умолчанию эти самые R-Tree индексы (By default, ArcSDE creates an R-tree index on an SDO_GEOMETRY column). И в этом случае ESRI и рекомендует их использовать.
А быстрее будет работать вообще без Oracle Spatial, когда выбрана схема хранения геометрии LONG RAW, которая используется SDE по-умолчанию.